Михаил Коваленко перешёл в «Пюник» в 2022 году из российского клуба «Долгопрудный». В сезоне 2019/20 наш футболист в составе «Ноа» завоевал Кубок и Суперкубок Армении. Помимо армянских клубов, Коваленко в основном выступал за команды, представляющие Первый дивизион России.